Budući da je Zakon o ustanovama ("Narodne novine", br. 76/93., 29/97., 47/99. i 35/08.) stupio na snagu još 1993. godine i do sada je imao manje izmjene, sadržavao je niz odredbi koje su zastarjele, nedovoljno usklađene ili su u međuvremenu u cijelosti uređene drugim zakonima. Među ostalim, uočena je potreba za određenim stupnjem liberalizacije uvjeta poslovanja javnih ustanova kojima su osnivači druge pravne i fizičke osobe koje u pravilu obavljaju određenu javnu službu sukladno posebnom zakonu, pri čemu su ostvarenu dobit dužne koristiti isključivo za obavljanje i razvoj svoje djelatnosti.
Donošenje izmjena i dopuna ovog Zakona jedna je od ključnih aktivnosti u okviru mjere 1.4.4. Decentralizacija i racionalizacija te također jedna od mjera u okviru pristupanja Republike Hrvatske u Europski tečajni mehanizam (ERM II) i bankovnu uniju.
Zakon o ustanovama je temeljni propis kojim se uređuje osnivanje i ustrojstvo ustanova u hrvatskom pravnom poretku te je njegova primarna zadaća uspostavljanje općeg okvira, odnosno homogenog uređenja uvjeta koji se odnose na osnivanje, ustrojstvo i način rada, vrste poslova, pravni status zaposlenih, izvore financiranja kao i odgovornost i nadzor u javnim ustanovama koje pretežito ili isključivo obavljaju povjerene poslove državne uprave.
Radi toga se ovaj Zakon u cijelosti usklađuje s odredbama Zakona o sustavu državne uprave ("Narodne novine", br. 66/19.), posebice u pitanjima kao što su način osnivanja, ovlasti upravnih vijeća ili drugih kolegijalnih tijela, odgovornost za zakonito i pravilo obavljanje povjerenih poslova i način raspolaganja s ostvarenom dobiti javnih ustanova kojima je jedini osnivač Republika Hrvatska, a temeljem posebnog zakona pretežito ili isključivo obavljaju povjerene poslove državne uprave.
Ovim Zakonom otvorit će se mogućnost da javne ustanove koje obavljaju javnu službu sukladno posebnom zakonu, a čiji je osnivač druga pravna ili fizička osoba, odnosno čiji su jedini osnivači druge pravne i/ili fizičke osobe, ostvarenu dobit upotrijebe i na druge načine, uz odgovarajuću primjenu propisa o trgovačkim društvima, temeljem odluke osnivača u skladu s aktom o osnivanju i statutom. Naravno, time se ne isključuje mogućnost da ako osnivač to smatra potrebnim, te javne ustanove i nadalje ostvarenu dobit koriste za obavljanje i razvoj svoje djelatnosti.
Izmjenama odredbe članka 1. vrši se terminološka prilagodba pa imajući u vidu da dosadašnja odredba stavka 2. toga članka nije sadržavala iscrpan popis djelatnosti za čije se obavljanje ustanova mogla osnovati utvrđuje se da se ustanova osniva za trajno obavljanje djelatnosti od javnog interesa sukladno posebnom zakonu. Također je u odnosu na dosadašnje uređenje, kao nedovoljno precizna, izostavljena i opća odredba o primjeni propisa o trgovačkim društvima na ustanovu koja djelatnost obavlja i radi stjecanja dobiti. Razlog tome je što se elementi poslovanja takvih ustanova uređuju Zakonom o trgovačkim društvima i drugim mjerodavnim propisima.
U cijelosti je izmijenjen i članak 6. Zakona kojim se okvirno određuju djelatnosti za čije se obavljanje osniva javna ustanova. Izričito se utvrđuje da se ustanova osniva kao javna ustanova ako je djelatnost ili dio djelatnosti koju obavlja zakonom određena kao javna služba. Zadržana je mogućnost osnivanja javne ustanove za obavljanje djelatnosti ili dijela djelatnosti koja nije određena kao javna služba, ako se one obavljaju na način i pod uvjetima koji su propisani za javnu službu. Također se izričito utvrđuje da se javna ustanova može osnovati i za obavljanje povjerenih poslova državne uprave. Na ovaj način se radi jasna distinkcija između obavljanja poslova državne uprave koji uvijek predstavljaju javnu ovlast (u ime države i s autoritetom države) od obavljanja javne službe koje ne moraju imati karakter javne ovlasti.
Kao i do sada, člankom 7. Zakona određeni su osnivači javne ustanove, s razlikom da se sada izričito utvrđuje da javnu ustanovu koja se osniva za obavljanje povjerenih poslova državne uprave osniva isključivo Republika Hrvatska.
Članak 10. Zakona usklađen je s novim Zakonom o sustavu državne uprave i Zakonom o lokalnoj i područnoj (regionalnoj) samoupravi ("Narodne novine", br. 33/01., 60/01., 129/05., 109/07., 125/08., 36/09., 150/11., 144/12., 19/13., 137/15., 123/17. i 98/19.). Njime se izričito utvrđuje sa se javnoj ustanovi kojoj je osnivač Republika Hrvatska mogu zakonom povjeriti poslovi državne uprave u jednom ili više upravnih područja sukladno zakonu kojim se uređuje sustav državne uprave, čime javna ustanova stječe svojstvo pravne osobe s javnim ovlastima. Isto tako, sukladno zakonu kojim se uređuje lokalna i područna (regionalna) samouprava, javnu ustanovu kojoj je osnivač jedinica lokalne i područne (regionalne) samouprave može se aktom o osnivanju ovlastiti za obavljanje određenih poslova iz samoupravnog djelokruga jedinice lokalne i područne (regionalne) samouprave.
I članak 11. je terminološki dorađen na način da se navodi kako se na radnopravni status zaposlenih u ustanovama primjenjuju opći propisi o radu, ako zakonom nije drukčije određeno. To znači da osobe koje se zapošljavaju u ustanovama na stupaju u službu nego zasnivaju radni odnos s ustanovom kao poslodavcem.
Člankom 12. utvrđuju se akti o osnivanju ustanove s time da se sada izričito utvrđuje da se, ako je jedan od osnivača jedinica lokalne i područne (regionalne) samouprave, ugovor o osnivanju ustanove sklapa nakon donošenja odluke o osnivanju ustanove.
Izmijenjen je i članak 19. Zakona kojim su propisani uvjeti pod kojima se u naziv ustanove može unijeti ime ili dio imena neke fizičke osobe. Sada je napravljena jasna distinkcija između zaštite časti i ugleda svake fizičke osobe od zaštite dostojanstva neke povijesne osobe.
Osim usklađivanja s odredbama Zakona o sustavu državne uprave i Zakona o lokalnoj i područnoj (regionalnoj) samoupravi ovim Zakonom izvršeno je i odgovarajuće usklađivanje s odredbama Zakona o sudskom registru ("Narodne novine", br. 1/95., 57/96., 1/98., 30/99., 45/99., 54/05., 40/07., 91/10., 90/11., 148/13., 93/14., 110/15. i 40/19.), Zakona o općem upravnom postupku ("Narodne novine", br. 47/09.), Zakona o upravnim sporovima ("Narodne novine", br. 20/10., 143/12., 152/14., 94/16. i 29/17.), Prekršajnog zakona ("Narodne novine", br. 107/07., 39/13.,157/13., 110/15., 70/17. i 118/18.), Zakona o pravu na pristup informacijama ("Narodne novine", br. 25/13. i 85/15.) i Zakona o provedbi Opće uredbe o zaštiti podataka ("Narodne novine", br. 42/18.).
Izmjene i dopune Zakona o ustanovama stupile su na snagu 1. siječnja 2020.